Trésor
Etant donné que l'exposition permanente du Zentrum Paul Klee ne peut présenter qu’une infime partie de l’ensemble de sa collection comprenant plusieurs milliers de feuillets, l’avant-projet prévoit la mise en place d’un trésor, appelé aussi  Quadreria ou collection d’études, sis au cœur de la colline médiane.

L’aménagement d’une Quadreria au Zentrum Paul Klee permettra aux visiteurs d’avoir droit de regard sur une partie de l’immense dépôt de collections. Dans cette pièce, les objets d’exposition seront présentés sous forme concentrée. Et puisque les œuvres présentées ici sont des feuillets nécessitant des conditions de conservation particulières, le
« Tresor ». est à la fois un coffre-fort de haute sécurité et un lieu abritant un patrimoine d’une valeur inestimable.

Espace manifestations
La salle de musique et de manifestation présentera des conditions acoustiques idéales pour les concerts de haut niveau, les projections de films, les congrès ou les conférences. Le Zentrum Paul Klee sera aussi un lieu de rencontre et de communication interdisciplinaire.

Musée des enfants
Le terme « Musée des enfants » vient directement du terme anglo-américain « Children’s Museum ». Les musées des enfants, qui s’adressent aux enfants de 6 à 12 ans et à leurs familles, ont une vocation foncièrement didactique. Ils proposent aux visiteurs un éventail d’outils pédagogiques plus large que les musées traditionnels. En sollicitant et en développant les cinq sens des enfants et en les confrontant individuellement à l’objet, le musée des enfants leur apprend à aimer l’art et développe leur sens critique.

Comme il s'agit de l'éducation esthétique, le terme de musée des enfants n'est pas à comprendre au sens strict. Des personnes de 4 à 88 ans doivent pouvoir profiter de ces prestations didactiques particulières.

En créant un espace « réservé aux enfants », le Zentrum Paul Klee fera figure de pionnier en Suisse. Cette idée s’est imposée d’une part parce que Paul Klee était très sensible aux créations d’enfants et, d’autre part, parce que l’œuvre de Paul Klee est facilement accessible au très jeune public.

Des espaces fonctionnels
Le projet de Renzo Piano prévoit des surfaces propices à la contemplation des œuvres, à la transmission attrayante du savoir et à l'organisation de manifestations culturelles variées:

• Des surfaces d'exposition représentant plus de 2 000 mètres carrés.
• Une Rue du Musée de 1 200 mètres carrés, véritable espace de communication vivant (voir coupe transversale).
• Un musée des enfants de 600 mètres carrés.
• Un espace destiné aux manifestations pouvant accueillir 300 visiteurs au minimum.