Le 15 septembre 2000, la ville et le canton de Berne ainsi que la Paul-Klee-Stiftung (Fondation Paul Klee – PKS) signaient l’acte de fondation de la nouvelle fondation responsable, la Stiftung Zentrum Paul Klee (Fondation Zentrum Paul Klee – SZPK), dénommée à l’époque Stiftung Paul Klee-Zentrum (SPKZ), définissant ainsi les responsables de l’exploitation du Zentrum Paul Klee.

Avec la fondation de la Stiftung Zentrum Paul Klee et le contrat avec la Paul-Klee-Stiftung, les pouvoirs publics (ville et canton de Berne) ont rempli une obligation juridique de plus décisive pour la réalisation du Zentrum Paul Klee.