Les pouvoirs publics ville et canton de Berne sont responsables de concert avec la Conférence culturelle régionale de Berne de l’exploitation du Zentrum Paul Klee. Etant donné que les dépenses pour l’exploitation dépendent des coûts d’investissement, des représentants des pouvoirs publics sont présents dans le Conseil de fondation de la Maurice E. and Martha Müller Foundation (MMMF).

Le rôle des pouvoirs publics dans la réalisation du Zentrum Paul Klee est défini dans la convention signée le 3 juillet 1997 par le canton, la ville et la commune bourgeoise de Berne.

Dans cette déclaration d’intention, les parties ont affirmé leur volonté de créer, aménager et exploiter un musée consacré à Paul Klee en répartissant au mieux les tâches entre elles. En contrepartie, ils ont posé les conditions suivantes (résumé):

• Les héritiers de Paul Klee, Livia Klee-Meyer et Alexander Klee, mettent à la disposition du musée les œuvres de Paul Klee ainsi que celles de ses contemporains ou amis qu’ils possèdent.
• Les héritiers de Klee cèdent au musée les archives sur Paul Klee.
• La Paul-Klee-Stiftung (Fondation Paul Klee – PKS) et le Musée des Beaux-Arts mettent à la disposition du musée leur collection d’œuvres de Klee et de ses contemporains ou amis ainsi que les œuvres qu’ils ont reçues en donation ou en dépôt.