Avec plus de 4 000 œuvres, le Centre Paul Klee dispose de la plus importante collection au monde de peintures, aquarelles et dessins de Paul Klee, à laquelle s'ajoutent de nombreux documents photographiques et textes à caractère biographique sur l'artiste. Enrichie d'objets personnels, comme les marionnettes fabriquées par Paul Klee pour son fils ou encore les supports de ses cours au Bauhaus, qui offrent de s'immiscer dans l'atelier de l'artiste, la collection dégage également une aura particulière. La collection naturaliste de Klee (herbes séchées, coquillages, coquilles d'escargots, roches, minéraux) et ses manuscrits permettent d'établir un pont entre la collection d'œuvres d'art et l'histoire de l'artiste. Des créations offertes à Paul Klee par des amis artistes comme Wassily Kandinsky, Franz Marc ou Alexej von Jawlensky, et qui sont aujourd'hui devenues propriété du Centre Paul Klee, replacent l'œuvre de Klee dans le contexte artistique de son époque.

Rotation des œuvres
L'importance et la variété exceptionnelles de cette collection, mais aussi la fragilité des œuvres de Paul Klee exigent des modalités d'exposition particulières, différentes de celles d'une "exposition permanente" au sens classique du terme (exposition composée des mêmes œuvres restant inchangées pendant plusieurs années). Le Centre Paul Klee a donc opté pour une exposition d'un panel d'œuvres sélectionnées autour d'un thème spécifique régulièrement renouvelé.
 
"Mise au repos" des œuvres exposées pour leur conservation
La fragilité des tableaux de Paul Klee résulte de la méthode de travail spécifique de l'artiste. Celui-ci était amateur de nouvelles expériences non seulement sur le plan du fond et de la forme de ses créations, mais également des techniques, et il utilisait des aquarelles, peintures à la colle, encres et papier extrêmement sensibles à la lumière. Si les œuvres restaient trop longtemps exposées à la lumière, leurs couleurs perdraient progressivement de leur éclat en même temps que les papiers bruniraient et se fragiliseraient – et ce, malgré l'éclairage réduit à 50 à 100 lux dans les salles d'exposition et le verre spécifiquement utilisé pour absorber la majeure partie des rayons UV nocifs. Les peintures exposées, et en particulier les œuvres sur papier, font donc tous les six mois l'objet d'une rotation. Les principes de conservation mis en application par le Centre Paul Klee prévoient que les œuvres exposées pendant une période prolongée soient ensuite "mises au repos" dans les conditions de luminosité et d'humidité favorables du dépôt.
 
Renouvellement des expositions selon des thématiques
En plus de motifs purement conservatoires, la rotation régulière des œuvres répond également à des motivations de logistique et de conception. Avec les 1'750 mètres-carrés de surface d'exposition des deux salles du Centre Paul Klee, il ne serait d'une part pas envisageable de présenter l'ensemble de l'immense collection. D'autre part, le principe de rotation des œuvres exposées permet de refléter une image constamment renouvelée, fraîche et parfois même inattendue de l'artiste Paul Klee, grâce à des musées partenaires ou des collectionneurs privés qui prêtent des œuvres aux accents toujours différents dévoilant de nouveaux aspects du travail de Klee. Le public se voit ainsi offrir l'occasion de découvrir des œuvres et ensembles artistiques encore inconnus. L'œuvre transcendantale de Paul Klee aborde en profondeur les aspects de la langue, du théâtre et de la musique, prenant pour sujet l'architecture, la technique, l'histoire contemporaine et la Genèse et empruntant des éléments aux sciences physiques et naturelles, à la philosophie, à la psychologie et à la pédagogie. Le renouvellement thématique des expositions permet donc de refléter et de mettre en avant la complexité de la pensée interdisciplinaire de Paul Klee.