La sensibilité particulière des œuvres de Paul Klee appelle des formes d’exposition se distinguant d’une « présentation permanente de la collection » dans le sens traditionnel du terme (à savoir une présentation inchangée pendant des années, montrant toujours les mêmes œuvres).

La fragilité des œuvres résulte de la façon de travailler spécifique à Paul Klee. Ce dernier, en effet, aimait l’expérimentation non seulement sur le plan du contenu et de la forme, mais aussi au niveau des techniques, et utilisait souvent des couleurs d’aquarelle et à la colle, des encres et des papiers extrêmement sensibles à la lumière. Si les œuvres restaient trop longtemps exposées à la lumière, cela aurait pour conséquence – malgré l'éclairage réduit de 50 à 100 lux dans les salles d’exposition, et malgré les verres spéciaux utilisés aujourd’hui, qui absorbent une grande partie des rayons UV particulièrement nocifs – que les couleurs finiraient par pâlir, et que le papier deviendrait brun et friable. Les tableaux exposés, et notamment les œuvres sur papier, font donc l’objet d’une rotation régulière, tous les six mois environ. Le principe de conservation de la collection du Zentrum Paul Klee prévoit que des œuvres montrées pendant une période prolongée dans l’exposition doivent ensuite être « mises au repos » dans les conditions climatiques et de lumière protégées du dépôt.

Mais l’échange régulier des œuvres exposées répond également à des considérations de conception et de logistique. Non seulement les 1750 mètres carrés de surface d’exposition dont dispose le Zentrum Paul Klee ne permettraient pas de présenter complètement l'immense fonds de quelque 4000 tableaux, aquarelles et dessins – le principe de rotation de la présentation de la collection assure en outre un regard toujours renouvelé, parfois hors du commun, sur Paul Klee. En proposant des axes thématiques et des points de référence changeants, nous pouvons mettre en lumière des aspects sans cesse nouveaux de la création de Klee, et faire également découvrir au public des œuvres et groupes d’œuvres moins connus.