En janvier 1933, les nazis s’emparent du pouvoir dans toute l’Allemagne. Mi-mars, une perquisition est menée dans l’appartement de Paul Klee à Dessau. Le 21 avril, il est mis à pied sans délai de sa chaire de professeur à l’Académie de Düsseldorf ; la lettre officielle de renvoi lui parvient le 1er janvier 1934 invoquant comme motif « La loi de réhabilitation des fonctionnaires professionnels ». Il signe le 24 octobre un contrat de représentation générale avec Daniel-Henry Kahnweiler, propriétaire de la Galerie Simon à Paris. Le 24 décembre, il émigre en Suisse – comme son épouse deux jours plus tôt – et s’installe tout d’abord dans la maison familiale à Berne.

En janvier 1934, Paul et Lily Klee emménagent dans un petit appartement, Kollerweg 6. Le 1er juin, ils s’installent dans un trois pièces au Kistlerweg 6. La monographie Paul Klee. Handzeichnungen 1921–1930 réalisée par Will Grohmann paraît en novembre aux éditions de Postdam. En avril de l’année suivante, l’ouvrage est saisi par les nazis.

En août 1935, Paul Klee attrape une bronchite qui dégénère en pneumonie. Il tombe à nouveau malade en novembre, maladie diagnostiquée comme une rougeole. La plupart du temps, Paul Klee doit garder le lit.

1936 Pour des raisons de santé, Paul Klee est forcé d’interrompre son travail environ six mois jusqu’en mars ; après mars, il ne réussit toujours pas à vraiment travailler. Avec 25 œuvres réalisées cette année là, sa production atteint son niveau le plus bas.

1937 L’état de santé de Paul Klee se stabilise et il reprend intensivement son travail. Le 19 juillet, inauguration à Munich de l’exposition « Entartete Kunst ». Légèrement réduite, l’exposition tourne jusqu’en 1941 dans 12 villes allemandes et autrichiennes. 17 œuvres de Klee sont exposées à Munich. Peu après, les nazis confisquent 102 œuvres de Paul Klee issus de collections publiques dont ils revendent la plupart à l’étranger. Le 27 novembre, Pablo Picasso rend visite à Paul Klee. Avec 264 œuvres réalisées en 1937, Paul Klee a pratiquement retrouvé son rythme de production d’avant sa maladie.

A partir de 1938, le galeriste J. B. Neumann et les deux marchands d’art émigrés d’Allemagne, Karl Nierendorf et Curt Valentin, organisent régulièrement des expositions Klee à New York et dans d’autres villes des USA.

En avril 1939, Georges Braque vient voir Paul Klee deux fois à Berne. Le 24 avril, Paul Klee dépose une demande pour obtenir la naturalisation suisse. Avec 1 253 œuvres répertoriées, dont la plupart sont des dessins, 1939 est l’année la plus productive de toute sa vie.

Hans Klee, père de Paul Klee, décède le 12 janvier 1940. En mai, Paul Klee se rend au Tessin (Suisse du sud) pour un séjour en sanatorium. En juin, son état de santé empire brusquement. Il meurt le 29 juin à la clinique Sant' Agnese de Locarno-Muralto des suites d’une sclérodermie, quelques jours avant que la nationalité suisse lui ait été très probablement accordée.