1990
Décès de Felix Klee le 13 août.

1991
Alexander Klee et Livia Klee-Meyer, les héritiers de Felix Klee, mettent les œuvres d’art et une partie des documents issus de la masse successorale de Felix Klee à la disposition du Musée des Beaux-Arts de Berne à titre de prêt.

Alexander Klee propose au directeur du Musée des Beaux-Arts de Berne de l’époque, Hans Christoph von Tavel, la création d’un musée consacré à Paul Klee à Berne.

1992–1997
Des délégués de la ville et du canton de Berne planifient, avec la direction du Musée des Beaux-Arts de Berne et Alexander Klee, l’édification d’un musée Paul Klee devant se situer à proximité du Musée des Beaux-Arts de Berne.

1997
Livia Klee-Meyer offre à la ville et au canton de Berne près de 650 œuvres de Paul Klee et d’autres artistes de son entourage à charge d’édifier d’ici la fin 2006 un musée Paul Klee.

Accord entre la ville, le canton et la commune bourgeoise de Berne concernant la planification et la réalisation commune d’un musée Paul Klee à Berne ainsi que son exploitation.

Création d’un groupe de projet de Zentrum Paul Klee, dirigé par les trois collectivités publiques ville, canton et commune bourgeoise de Berne. 

1998
Alexander Klee se déclare prêt à mettre à la disposition du musée Paul Klee, à titre de prêt (permanent), quelque 850 œuvres de Paul Klee ainsi que de divers artistes qui faisaient partie de ses amis.

Offre de donation du professeur Maurice E. Müller et de son épouse Martha Müller-Lüthi. Sont offertes deux parcelles de terrain à la lisière est de la ville de Berne (Schöngrün) ainsi que la somme d’au moins 30 millions de francs. Les conditions: le site sera à Schöngrün, l’architecte sera Renzo Piano, le projet sera planifié et réalisé comme un centre culturel et non comme un musée traditionnel. 

Acceptation de l’offre en donation de la famille Müller et constitution de la Maurice E. and Martha Müller Foundation le 4 novembre pour le financement de l’évaluation du projet, la planification et la construction du Zentrum Paul Klee.

Renzo Piano accepte le mandat d’architecture le 18 décembre.

Alexander Klee et Livia Klee-Meyer conviennent de la remise de documents sur la vie et l’œuvre de Paul Klee au Zentrum Paul Klee.

La commune bourgeoise de Berne assure une contribution unique aux frais de construction (20 millions de francs) ou une contribution périodique aux frais d’exploitation (1 million de francs).

La ville et le canton de Berne assument les frais d’exploitation et d’aménagement.

1999
Première présentation officielle de l’ébauche architectonique au Kornhaus de Berne en décembre.

2000
La planification et la desserte sont à nouveau présentées au public en janvier au Kornhaus bernois.

Procédure de participation de la ville à la modification du plan de zones.

L’avant-projet est disponible en été et est présenté aux décideurs politiques de la ville et du canton de Berne.

15 septembre: création de l'organe responsable, la Stiftung Zentrum Paul Klee [Fondation Zentrum Paul Klee]. Président de la fondation: le conseiller d’Etat Hans Lauri.

Le projet destiné au Grand Conseil englobe les contributions cantonales aux coûts de construction, la planification et la viabilisation ainsi que l’acquisition du terrain. Le parlement cantonal approuve le projet le 27 novembre avec 132 voix
contre 7.

Le projet pour le Conseil municipal comporte, outre les éléments correspondant au projet du Grand Conseil, la modification du plan de zones. Le 30 novembre, le Conseil municipal approuve le projet à l’unanimité avec 66 voix.

13 décembre: la commune bourgeoise de Berne adopte un crédit d'engagement de 20 millions de francs.

2001
Février: le grand public est informé en février sur l’état actuel du projet architectural de Renzo Piano (3e exposition au Kornhaus et au Kornhausplatz).

Le 4 mars, les électeurs et électrices de la ville de Berne acceptent le projet avec une étonnante majorité (78 pour cent de voix en faveur du projet). La demande de permis de construire est soumise le même mois.

Le 20 mars, le chef de projet général, Andreas Marti, est nommé premier directeur du Zentrum Paul Klee par le Conseil de fondation de la Stiftung Zentrum Paul Klee.

Mars: lancement du processus de mise en route.

Eté/automne: affectation de Madame Ursina Barandun à un nouveau poste à la direction du Centre (communication et médiation).

Eté/automne: le conseiller d’Etat Werner Luginbühl est le nouveau président de la Stiftung Zentrum Paul Klee.

15 octobre: le premier coup de pioche est donné (début des travaux de préparation).

Fin novembre: affectation de Madame Christine Hopfengart à un nouveau poste à la direction du Centre (gestion de la collection, expositions et recherche).

Création de la Paul Klee-Stiftung der Burgergemeinde Bern [Fondation Paul Klee de la commune bourgeoise de Berne] qui soutiendra financièrement la réalisation d’expositions, l’acquisition d’œuvres d’art et autres activités du Zentrum Paul Klee.

31 décembre: délai de déblocage définitif des crédits de construction et d'exploitation (obligation liée à la donation de Madame Livia Klee-Meyer).

2002
Conclusion de contrats de dépôt avec plusieurs collectionneurs privés.

10 juin: création par la famille Müller de la Fondation du Musée des Enfants auprès du Centre Paul Klee, l’exploitante du musée des enfants Kindermuseum Creaviva du Zentrum Paul Klee.

20 juin: pose solennelle de la première pierre, achèvement des gros travaux de terrassement, début des travaux de construction proprement dits.

15 août: les délégués de la Conférence culturelle régionale de Berne approuvent les nouveaux contrats culturels avec la ville de Berne. Le Zentrum Paul Klee fait désormais partie des cinq principales institutions culturelles bernoises selon la loi sur l'encouragement des activités culturelles (Théâtre municipal, Orchestre symphonique, Musée des Beaux-Arts, Musée d’histoire, Zentrum Paul Klee).

26 août: le Conseil municipal bernois et la Maurice E. and Martha Müller Foundation publient en commun la brochure Schritte für Klee [Pas à pas vers Klee]. 18 chemins et rues à proximité du Zentrum Paul Klee seront baptisés du titre de l’une des œuvres de Paul Klee. L’adresse du Zentrum Paul Klee est «Monument im Fruchtland 3» [Monument dans la contrée fertile].

Semestre d’hiver: les 84 communes de la Conférence culturelle régionale de Berne s’expriment sur les nouveaux contrats de subvention passés avec les cinq principales institutions culturelles bernoises.

2003
31 mars: Kehrsatz est la 56e commune de la Conférence culturelle régionale de Berne à dire «oui» à l’enveloppe de subventions culturelles de la ville de Berne d’un montant total de 50,76 millions de francs par an (part des 84 communes régionales: 11 pour cent soit 5,58 millions de francs). La majorité à deux tiers nécessaire est ainsi atteinte.

La Fondation Musée des Enfants auprès du Centre Paul Klee élit le 1er octobre Adrian Weber comme directeur du Kindermuseum Creaviva.

1er décembre: affectation du professeur Tilman Osterwold à un nouveau poste à la direction du Centre (directeur artistique). Madame Christine Hopfengart, assumant jusqu’à présent la double fonction de conservatrice de la Paul-Klee-Stiftung [Fondation Paul Klee] et de directrice du service collection, exposition, recherche dirige désormais en qualité de conservatrice à plein temps la Paul-Klee-Stiftung avec pour priorité l’achèvement du catalogue d’œuvres et le transfert de la collection des œuvres et des archives au Zentrum Paul Klee.

1er décembre: publication du Corporate Design (CD), de la Corporate Identity (CI) ainsi que du nouveau nom Zentrum Paul Klee (précédemment: Paul Klee-Zentrum).

Le 1er décembre a lieu la fête célébrant la fin du gros œuvre.

31 décembre: date butoir pour le premier coup de pioche (obligation liée à la donation de Madame Livia Klee-Meyer).

2004
1er trimestre: affectation de MM. Kaspar Zehnder (directeur artistique musique) et Markus Klopfstein (directeur facility management) à deux nouveaux postes au sein de la direction du Centre. 

L’achèvement du gros œuvre sera suivi de l’aménagement intérieur.

Emménagement des bureaux de l’administration dans la colline sud du Zentrum Paul Klee en novembre. Déménagement de l'équipe de collaborateurs de la Paul-Klee-Stiftung dans le Zentrum Paul Klee.

Transfert de la Paul-Klee-Stiftung à la Stiftung Zentrum Paul Klee.

2005
Travaux d’aménagement et préparation de l’inauguration.

Festivités d’inauguration du 20 juin au 3 juillet.

2006
31 décembre: date butoir pour l'ouverture (obligation liée à la donation de Madame Livia Klee-Meyer).