Conformément à la convention conclue entre la ville et le canton de Berne, la Paul-Klee-Stiftung [Fondation Paul Klee] créée en 1947 et domiciliée au Musée des Beaux-Arts de Berne jusqu’à fin 2004 a été intégrée au 1er janvier 2005 dans la Stiftung Zentrum Paul Klee [Fondation Zentrum Paul Klee].

Jusqu’à cette date, la Paul-Klee-Stiftung fut durant plus de 50 ans le centre de compétence scientifique sur Paul Klee. En collaboration avec la famille Klee et en alliance avec le Musée des Beaux-Arts de Berne, elle a largement contribué à faire de «l’exception artistique» Paul Klee l’un des artistes les plus célèbres du 20e siècle.

La mort de Felix Klee, unique fils de Paul et Lily Klee, en 1990 amorça un tournant dans l’histoire de la Paul-Klee-Stiftung. Initiée par la famille Klee, l’idée d’un musée entièrement dédié à Paul Klee commença à se concrétiser et prit une nouvelle dimension avec les propositions de donation de Madame Livia Klee-Meyer en 1997 et de la famille Müller en 1998. Ces propositions décidèrent le Conseil de fondation de la Paul-Klee-Stiftung à transférer la collection, les archives, la bibliothèque et l’ensemble de ses collaborateurs dans la nouvelle institution Zentrum Paul Klee. Le contrat d’intégration de la Paul-Klee-Stiftung dans la Stiftung Zentrum Paul Klee au 1er janvier 2005 fut signé par les parties responsables le 1er septembre 2000.

Avec un fonds de plus de 2'500 toiles, dessins et travaux polychromes sur papier, la Paul-Klee-Stiftung disposait de la plus grande collection au monde d'œuvres de Paul Klee. Elle s’est également établie comme un centre de documentation et de recherche.

L’intégration de la Paul-Klee-Stiftung dans la Stiftung Zentrum Paul Klee fait de l’exploitant, le Zentrum Paul Klee, le propriétaire des collections de la Paul-Klee-Stiftung.

Grâce à la compétence professionnelle de l’ancienne Paul-Klee-Stiftung, l’exploration scientifique et vivante de l'œuvre de Paul Klee peut être poursuivie, notamment en ce qui concerne la mise à disposition du public de matériel d’archives (textes et tableaux) ou la réalisation de programmes de recherche scientifique et de publication.