Das Ensemble Paul Klee ist eine Gruppe von in verschiedensten Bereichen tätigen Solist/innen. So ist der Flötist auch als Dirigent, die Pianistin auch als Musikschuldirektorin, der Cellist auch als Rocksänger,
der Klarinettist als Solist, Kammer- und Orchestermusiker sowie als Hochschuldozent und der Bassist als in allen Stilen bewanderter Allrounder tätig. Da fast für jedes Programm
Gäste hinzu geladen werden, erreicht das Repertoire eine aussergewöhnliche Bandbreite in Stil und Besetzung.
Ein Programm rund um Paul Klee steht immer im Spannungsfeld zwischen der Musik, die Paul Klee hörte und liebte (Bach, Mozart, Beethoven etc.), der Musik seiner Zeitgenossen (Schönberg, Hindemith, Bartók etc.) und der Musik, für die er und seine Kunst Inspirationsquelle waren (im Archiv des Zentrum Paul Klee befinden sich an die 300 Partituren von Musik nach Paul Klee). Paul Klee regt zu einem Programm an, welches über eine reine Konzertdarbietung hinausgeht. In den Konzerten wird nicht nur gespielt, sondern auch gesungen, gesprochen, agiert und bisweilen sogar gekocht.

Gebildet hat sich das Ensemble Paul Klee schon vor der Eröffnung des Zentrum Paul Klee. Damals konzertierte es als Ensemble Swiss Modern in einem armenisch-schweizerischen Programm in Jerewan, Genf und Bern. Als Hausensemble des Zentrum Paul Klee bestreitet das Ensemble jährlich einen Zyklus von sechs Konzerten. Dazu kommen Kurzkonzerte in der Museumsstrasse oder in den Ausstellungsräumen, und mit Kinder- und Jugendkonzerten pro Jahr wendet sich das Ensemble regelmässig an das junge Publikum.
Neben seiner Tätigkeit im und für das Zentrum Paul Klee hat das Ensemble Paul Klee zahlreiche Konzerte in der Schweiz und im Ausland gegeben, so war 2005 es als Ensemble in Residence ans Festival Encuentros nach Buenos Aires, 2007 von der Fondazione Antonio Mazzotta zu Konzerten nach Italien, 2008 ans Festival YOUrope together in die Philharmonie Essen und 2009 ins Museum der Moderne Salzburg und an die Biennale Zagreb eingeladen. Mit dem Projekt «Scheherazade» aus dem Rahmenprogramm zur Orientausstellung hat es seit März 2009 zahlreiche Konzerte in der Schweiz gegeben.
Seit seiner Gründung hat das Ensemble erfolgreich mit Künstler/innen wie Bruno Ganz, Marianne Pousseur, Luisa Castellani, Ernesto Molinari, Thomas Demenga, Hansheinz Schneeberger, Roman Signer, Guy Krneta, Alfred Brendel, Jürg Wyttenbach oder Christophe Desjardins zusammengearbeitet.