Die wissenschaftliche Dokumentation des Zentrum Paul Klee wurde von der Paul-Klee-Stiftung (PKS) unter Beteiligung der Familie Klee seit den 1970er Jahren aufgebaut und ist einzigartig für einen Künstler der Klassischen Moderne.

Die wissenschaftliche Dokumentation umfasst mehrere tausend Kopien von Paul und Lily Klees Briefwechsel mit Künstlerfreunden, Kunsthändlern, Sammlern und Museen. Eine Werkdokumentation stellt Abbildungen und Informationsmaterial für nahezu alle 9’800 Werke Klees bereit. Eine umfassende Fotodokumentation zur Biografie Klees versammelt persönliche Fotos ebenso wie historische Aufnahmen von Freunden und Kollegen, von Klees Lebensorten und seinen Ausstellungen. Die Fotosammlung reicht von ca. 1880 bis heute und wird laufend ergänzt. In einer Pressedokumentation sind die Zeitungsbeiträge und Rezensionen zu den rund 600 Einzel- und Gruppenausstellungen erfasst, die zu Klees Lebzeiten stattfanden.

Eine besondere Sammlung innerhalb dieses Archivs stellt schliesslich die Dokumentation von ca. 800 Fälschungen dar. Sie entstand über viele Jahre hin im Zusammenhang mit den Expertisen und Echtheitsabklärungen, die früher die Paul-Klee-Stiftung und nun das Zentrum Paul Klee als weltweit einzige, dafür autorisierte Institution durchführt.