Auf der Grundlage des Archivs wurden an der Paul-Klee-Stiftung (PKS) zahlreiche Publikationen realisiert: Das Bestandsverzeichnis der Sammlung der Paul-Klee-Stiftung in mehreren Bänden, die Publikation von Manuskripten sowie Ausstellungskataloge und Forschungsliteratur.

Eigene Publikationen
Folgende Publikationen wurden von der Paul-Klee-Stiftung bis zu ihrem Aufgehen in der Stiftung Zentrum Paul Klee (SZPK) per Ende 2004 herausgegeben:

• Paul Klee. Die farbigen Werke im Kunstmuseum Bern. Gemälde, farbige Blätter, Hinterglasbilder und Plastiken, Text und Bearbeitung von Jürgen Glaesemer, Bern 1976.
• Paul Klee. Handzeichnungen I. Kindheit bis 1920, Text und Bearbeitung von Jürgen Glaesemer, Bern 1973.
• Paul Klee. Handzeichnungen II. 1921–1936, Text und Bearbeitung von Jürgen Glaesemer, Bern 1974.
• Paul Klee. Handzeichnungen III. 1937–1940, Text und Bearbeitung von Jürgen Glaesemer, Bern 1970.
• Paul Klee. Beiträge zur bildnerischen Formenlehre, faksimilierte Ausgabe des Originalmanuskripts von Paul Klees erstem Vortragszyklus am Staatlichen Bauhaus Weimar 1921/22, Basel/Stuttgart 1979.
• Paul Klee. Tagebücher 1898–1918, textkritische Neuedition, Bearbeitung von Wolfgang Kersten, Stuttgart/Teufen 1987.
• Paul Klee. Leben und Werk, hrsg. in Zusammenarbeit mit dem Museum of Modern Art New York, New York/Stuttgart 1979 (Neuauflage 1996).
• Paul Klee. Verzeichnis der Werke des Jahres 1940, Bearbeitung durch Stefan Frey und Josef Helfenstein, Stuttgart 1991.

Schriftenreihen

• Christian Geelhaar, Paul Klee. Progressionen. Zeichnungen zum Bauhaus-Unterricht, hrsg. von der Paul-Klee-Stiftung Bern (erschienen im Rahmen der Ausstellung vom 1.12.1974–12.1.1975 im Kunstmuseum Bern), Bern 1975.
• Paul Klee. Das graphische und plastische Werk, hrsg. von der Paul-Klee-Stiftung Bern, Bern 1975.
• Max Huggler, Die Kunsttheorie von Paul Klee, hrsg. von der Paul-Klee-Stiftung Bern, Bern 1977.
• Marcel Baumgartner, Paul Klee und die Photographie, hrsg. von der Paul-Klee-Stiftung Bern, Bern 1978.

Reihe „Schriften und Forschungen zu Paul Klee“
Im Rahmen der Reihe „Schriften und Forschungen zu Paul Klee“ ist erschienen:

• Paul Klee – Kunst und Karriere. Beiträge des internationalen Symposiums in Bern, hrsg. von Oskar Bätschmann und Josef Helfenstein, unter Mitarbeit von Isabella Jungo und Christian Rümelin, hrsg. von der Paul-Klee-Stiftung Bern (Schriften und Forschungen zu Paul Klee, Bd. 1), Bern 2000.

Das Werk von Paul Klee wurde von der Paul-Klee-Stiftung in jahrelanger intensiver Forschungsarbeit systematisch wissenschaftlich aufbereitet. Ergebnis dieser Arbeit ist die Herausgabe eines umfassenden Werkverzeichnisses von Paul Klee, des Catalogue raisonné Paul Klee in 9 Bänden.