Das Zentrum Paul Klee verfügt mit gut 4'000 Werken über die weltweit bedeutendste Sammlung von Gemälden, Aquarellen und Zeichnungen Paul Klees. Darüberhinaus besitzt das Zentrum zahlreiche biografische Text- und Bilddokumente des Künstlers. Einen besonderen Charakter erhält die Sammlung dank privater Objekte, wie beispielsweise den Handpuppen, die Paul Klee für seinen Sohn Felix anfertigte, oder den Unterlagen für den Unterricht am Bauhaus, die Einblick in die Künstlerwerkstatt geben. Klees Naturaliensammlung (getrocknete Pflanzen, Muscheln, Schneckenhäuser, Steine, Mineralien) und seine Manuskripte schlagen den Bogen zwischen der Kunstsammlung und der Lebensgeschichte des Künstlers. Werke befreundeter Künstler wie Wassily Kandinsky, Franz Marc oder Alexej von Jawlensky, die Klee als persönliche Geschenke erhielt und die heute ebenfalls im Besitz des Zentrum Paul Klee sind, betten Klees Werk in den künstlerischen Kontext seiner Zeit ein.

Rotierende Auswahl aus dem Werkbestand
Dieser überaus umfangreiche und vielfältige Sammlungsbestand, aber zugleich auch die besondere Empfindlichkeit der Werke Paul Klees verlangen nach einer Ausstellungsform, die sich von einer „ständigen Sammlungspräsentation“ im traditionellen Sinn (also einer Sammlungsausstellung, die auf Jahre hinaus unverändert dieselben Werke zeigt) unterscheidet: Das Zentrum Paul Klee zeigt die hauseigenen Bestände statt dessen in Form einer regelmässig ändernden Werkauswahl, die jeweils unter einem neuen, spezifischen Thema steht.

Konservatorische "Ruhephasen" für die ausgestellten Werke
Der fragile Zustand der Bilder Paul Klees liegt in der spezifischen Arbeitsweise des Künstlers begründet: Dieser war nicht nur inhaltlich und formal, sondern auch technisch experimentierfreudig, und verwendete äusserst lichtempfindliche Aquarell- und Kleisterfarben, Tinten und Papiere. Eine zu lange Lichtexposition hätte – trotz des auf 50 bis 100 Lux reduzierten Lichts in den Ausstellungsräumen, und trotz der heute verwendeten Spezialgläser, die einen grossen Teil des besonders schädlichen UV-Lichtes absorbieren – zur Folge, dass die Farben allmählich ausbleichen und die Papiere verbräunen und brüchig würden. Daher werden die ausgestellten Gemälde, und insbesondere die Arbeiten auf Papier, in einem regelmässigen, etwa halbjährlichen Turnus ausgewechselt. Der konservatorische Grundsatz der Sammlung des Zentrum Paul Klee schreibt vor, dass Werke, die während längerer Zeit in der Ausstellung gezeigt wurden, anschliessend im Depot unter geschützten Licht- und Klimaverhältnissen "ruhen" müssen. 

Wechselausstellungen mit immer neuen thematischen Schwerpunkten
Der regelmässige Austausch der ausgestellten Werke hat neben restauratorischen aber auch konzeptionelle und logistische Gründe. Zum einen würden die 1'750 Quadratmeter Ausstellungsfläche, über die das Zentrum Paul Klee mit zwei Ausstellungssälen verfügt, nicht ausreichen, um den immensen Sammlungsbestand vollständig zu präsentieren. Zum anderen gewährleistet das Austauschprinzip in der Sammlungspräsentation eine stets neue, frische, zuweilen auch ungewohnte Sicht auf Paul Klee: Die regelmässig ändernden "Bestandes-Wechselausstellungen" können durch gezielt ausgewählte Leihgaben aus befreundeten Museen und von privaten Leihgeberinnen und Leihgebern ergänzt werden und ermöglichen es, mit ihren alternierenden inhaltlichen Schwerpunkten und Bezügen immer neue Aspekte von Klees Schaffen aufzuzeigen. Zugleich können dem Publikum auch unbekanntere Werke und Werkgruppen zugänglich gemacht werden. Und: Paul Klees spartenübergreifendes Werk setzt sich intensiv mit Aspekten von Sprache, Theater und Musik auseinander. Es thematisiert Architektur, Technik, Zeitgeschichte und Schöpfungsgeschichte und beinhaltet naturwissenschaftliche, philosophische, psychologische und pädagogische Elemente. Die thematisch konzipierten Wechselausstellungen erlauben es, diese Komplexität im interdisziplinären Denken von Paul Klee zu spiegeln und zu vermitteln.